Los líderes y lideresas, de entrada, indican que todo el municipio es una zona de alto riesgo para líderes y lideresas sociales. La presencia de actores armados ilegales es mayor que la de los legales. Según los líderes y lideresas las comunidades siguen las reglas de los grupos armados ilegales para no verse en peligro y frecuentemente las Juntas de Acción Comunal funcionarían como intermediarios entre la comunidad y los actores ilegales para solicitar permisos. Según la Alerta Temprana 054-19 de 2019 de la Defensoría del Pueblo, entre el 1 de enero y el 9 de octubre de 2019 el municipio incrementó el número de homicidios en un 20 %.
En las veredas San Pedro, La Ilusión, Brazo izquierdo, Versalles, San Antonio, Puerto Colombia, El Cerro y Vereda Puerto Colombia se han registrado asesinatos de líderes sociales. Entre estos se encuentran casos como el de Manuel Osuna Tapias, quien el 6 de julio de 2019 fue asesinado bajo altos índices de violencia en la vereda El Cerro. Según la Fundación Paz y Reconciliación, Osuna fue decapitado y posteriormente 'Los Caparros' quemaron su vivienda."
La Fuerza de Tarea Conjunta Aquiles de la Séptima División del Ejército Nacional se despliega por la región. Los líderes y lideresas afirman que la presencia de actores de las Fuerzas Pública representa un riesgo, no solo para ellos y ellas sino para su comunidad, pues aún desconfían por los presuntos nexos entre estos actores y los grupos armados ilegales que tuvieron lugar años atrás en el territorio. Además, los servicios de seguridad que las Fuerzas Armadas les han brindado a empresas minero energéticas del sector privado, han traído tensiones con la comunidad, aseguran los líderes y lideresas.
La Red de Participación Cívica, conocida en el periodo presidencial de Álvaro Uribe Vélez como Red Cooperantes, involucra a la población civil en el conflicto al referenciarlos como colaboradores de las operaciones del Ejército y la Policía. Esta situación pone en riesgo a la población y sus líderes, pues según sus relatos, con frecuencia se dice en la región que una persona fue asesinada por "ser informante".
Los líderes y lideresas recuerdan que los desplazamientos en la región se empezaron a dar después de la firma del Acuerdo de Paz, particularmente desde 2017. Las disputas por el control territorial han dejado expuesta a la comunidad, pues los actores armados estigmatizan a la sociedad civil como colaboradores de su enemigo. No más entre el 27 y 28 de julio fueron perpetradas dos masacres en el municipio: una, en la vereda La Cabaña, y la otra, en el corregimiento Puerto Colombia.
De los grupos armados ilegales que hacen presencia en el municipio, las Autodefensas Gaitanistas de Colombia (AGC) son los actores armados que mayor incidencia tienen en el territorio. Según los líderes y lideresas y la Alerta Temprana 023-18 de 2018, desde el corregimiento de La Caucana del municipio de Tarazá, Antioquia, 'Los Caparros' están entrando al suroriente de San José de Uré. Los líderes y lideresas sostienen que 'Los Caparros' han recurrido a asesinar líderes y miembros de la comunidad para que el Ejército haga presencia y las AGC se vean obligadas a replegarse. Además, las disidencias del Frente 18 de las FARC también hacen presencia en el territorio.
Con la llegada de la pandemia, los líderes y lideresas aseguran que los actores armados se han posicionado con más fuerza, porque la presencia del Estado ha "disminuído". Relatan que los actores armados están realizando el control sanitario, regulan la entrada y la salida de las personas y en algunos casos han proveído a las comunidades de alimentos.
Algunas veredas como La Cabaña, El Cerro, La Primavera y Batalito que colindan con La Caucana, Antioquia, presentan cultivos de uso ilícito. Los líderes y las lideresas han identificado alrededor de 50 hectáreas de coca.
La comunidad no ha vuelto a sembrar cultivos de uso ilícito porque sigue desplazada por el conflicto en la región, pero advierten los líderes, "la gente volverá a cultivar dado que el Gobierno no le ha cumplido con lo acordado en materia de erradicación".
El Observatorio de Drogas de Colombia (ODC) registra que el municipio de San José de Uré se encuentra en los puestos más bajo en cuanto a número de cultivos de uso ilícito y que ha pasado de 441,70 hectáreas en 2018 a 340,85 hectáreas en 2019. Sin embargo, sigue siendo un número superior a las 231,94 hectáreas registradas en 2016.
"San José de Uré es un paso de la ruta del narcotráfico", puntualizan los líderes y lideresas. Por esta razón, explican, en el territorio hay pocos cultivos de uso ilícito. La Alerta Temprana 023-18 de 2018 de la Defensoría del Pueblo indica que en la región hay un interés de los grupos armados por controlar las vías del narcotráfico del Bajo Cauca antioqueño, el sur de Córdoba y el Urabá antioqueño, y aquella ubicación de San José de Uré, limitando con Antioquía, lo vuelve una ruta hacia el golfo de Urabá. Según los líderes y lideresas del sur de Córdoba, el conflicto se ha perpetuado porque es un territorio estratégico para los corredores del narcotráfico. "Quien domine el territorio domina las rutas del narcotráfico", concluyen.