Lo que se supo de su asesinato, ocurrido el 4 de enero de 2019, fue a través de comunicados emitidos por varias organizaciones del departamento del Cauca, que alertaron sobre el asesinato del líder en el municipio de Cajibío.

Según la información difundida entonces, Wilmer Antonio Miranda fue abaleado en la vereda La Independencia, corregimiento El Carmelo, por cuatro hombres vestidos de civil que portaban armas largas. Al parecer, los desconocidos lo estaban esperando sobre una vía interveredal.

El líder pertenecía a varios procesos y organizaciones sociales del Cauca entre ellas la Asociación de Trabajadores Campesinos de Cajibío (ATCC), la Asociación Nacional de Zonas de Reserva Campesina (Anzorc), el Proceso de Unidad Popular del Suroccidente Colombiano (PUPSOC) y Marcha Patriótica en ese departamento.