Desde el año 2006, Margarita habría estado recibiendo amenazas de muerte por parte de grupos paramilitares, según documentó el medio El Tiempo. La lideresa fue asesinada en la puerta de su vivienda, luego de recibir varios disparos. La fecha de su muerte es confusa pues el diario El Tiempo y un comunicado de la Fiscalía indican que se dió el martes 3 de julio, mientras que Indepaz y otro comunicado de la Fiscalía señalan que fue el miércoles 4 de julio de 2018.

Según la Fiscalía, en el crimen de la lideresa estarían involucrados miembros del Frente Oliver Sinisterra, bajo el mando de Walter Patricio Arízala Vernaza, alias ‘Guacho’, uno de los hombres más buscados por las autoridades de Colombia y Ecuador. Este ha sido el jefe de la disidencia Oliver Sinisterra de las Farc y el principal responsable del secuestro y posterior asesinato del equipo periodístico del diario El Comercio de Ecuador.

A través de un comunidado, la entidad anunnció que se solicitaron órdenes de captura contra Laureano Pay Guanga, alias ‘Barbón’; Manuel Pay Guanga, alias ‘Timonazo’; José Jaime Bibiscus García, alias ‘El Cabo’; Hugo Fernando Cortés Bibiscus, alias ‘Fercho’, y José Silvio Cortés Pay, alias ‘Silvano’, por su presunta participación en el crimen de Margarita.

No obstante, Verdad Abierta documentó que unos días después las autoridades indígenas del resguardo Piguambí Palangala rechazaron la acusación de tres de los cinco hombres, dos de ellos miembros de la guardia indígena. Para los Awá el señalamiento de  José Jaime Bibiscus García, Hugo Fernando Cortés Bibiscus y José Silvio Cortés Pay, miembros de su comunidad, se trata de una calumnia creada con el fin de entregar resultados rápidos. 

A través de otro comunicado de prensa, el 6 de septiembre de 2018, la Fiscalía dio a conocer la captura de Lauriano Pai Guanga, alias el Barbón a quien se le atribuyeron los delitos de  homicidio agravado y concierto para delinquir. Pai Guanga no aceptó los cargos y fue remitido a la cárcel Buchely.